پلان بنا بیش از هر چیز به ساختمان یک خانقاه یا آرامگاه شباهت دارد. قدمت آن هم نبایـد از سده های هشتــم و هفتم پیشتر باشد. بنابراین باید در دوره ایلخانان مغول یا آل کرت و سربداران ساخته شده بـاشد. اما پیـــداست که پیش از آن در محل مزبور مسجدی وجود داشته ، زیرا محراب آن در بیرن ضلع شمالی بنای فعلی حفظ شده است . مصالح بنا از آجر و ماسه و ملاط گچ و تزیینات آن منحصر به  مقرنس ها و کادربندی های گچی در داخل و قاب ها و چین و شکن هایی بر رویه بیرونی است . در شمال صحن اصلی، سکو و نشستنگاهی ساخته شده که می تـواند محل جلوس یا مدرس شیخ خانقاه بوده باشد و در پس آن سه اطاقک با سقف کوتاه تر وجود دارد که اتــاق مـیانی بزرگتر از جانبین است . هارونیه در حال حاضر بزرگترین ساختمان شهر  طوس  محسوب  می شود و در چند دهه گذشته از بحث برانگیزتـــرین ابنیه این دربار بوده است