مسجد مدرسه طوس واقع در بقعه هارونیه ؛ این اثر تاریخی که متعلق به قرن 5 هجری قمری می باشد هزار سال قدمت داشته و در سال 79 با انجام گمانه زنی و کاووش های باستان شناسی پدیدار گشته است.این بنا که متشکل از 54 ستون مدور و رواق هایی در اطراف است با کف آجر فرش شده یک شکل ویترینی در کف را به وجود آورده است که امکان گردش روی سایت را فراهم می کند.آنچه که امروز به عنوان بنای تاریخی مسجد مدرسه طوس یاد می کنیم تنها یک چهارم این بنای تاریخی است.نقوش گچ بری یافت شده و نیز شبستان های مدرن، آبادانی این بنا را در عصر خود می رساند و نیز به دلیل آبادانی و تدریس امام محمد غزالی در این مکان، مسجد مدرسه طوس نام گرفته است .